《红警4：大国崛起》作为一款军事题材即时策略类游戏，以虚构的超级第二次世界大战后的世界为时空背景，主要叙述了玩家所领导的自由军如何一步步发展壮大，最终击败世界军，挫败NOD兄弟会阴谋的故事。
《红警4：大国崛起》的剧情虽然承接了命令与征服-红色警戒里的部分情节，但是发展出了一条独立的故事脉络：
超级第二次世界大战虽然以苏联解体和同盟国的胜利而宣告结束，然而尖端军事科技尤其是泯灭人性的精神控制武器给全世界人民造成的严重心理创伤，人人谈之色变。为了缓解民众的巨大压力，同盟国封存了缴获的各种尖端军事科技。随着斯大林的幕后助手凯恩神秘消失，一时间各方势力似乎都偃旗息鼓下来。
然而好景不长，NOD兄弟会的出现，又让人依稀看到那个曾经站在斯大林身边的神秘影子。NOD兄弟会成员广泛，组织严谨，拥有着高度发达的科技。通过进行渗透甚至赤裸裸的军事入侵，兄弟会逐渐控制了一些第三世界小国，揭开宗教的面纱，狂热的军事组织面孔暴露无遗。
为了对抗NOD兄弟会的威胁，全球防御组织（Global Defense Initiative 简称GDI）正式成立，担负起维护世界军事格局，防止大规模战争再度发生的“世界保卫者”的角色。
双方虽然还没有正面冲突，但都在暗中积聚力量。战争的阴云再次笼罩世界……
此时一支由前美国陆军上校拉姆斯领导的名为“世界军”的力量登上了历史舞台，打破了脆弱的平衡，他们崇尚武力，蔑视生命，为了壮大自己不择手段，一时间天怒人怨，硝烟四起。为了抗击世界军的暴行，各地的民众们组成了无数的反抗组织，他们有一个统一的名字——自由军。
